Hola, no se si sera muy tarde para esta respuesta pero aqui la mando por si te sirve, bueno por lo que logro entender en tu mail lo que queres es reinstalar el apache2 y sus carpetas; si es así, se me ocurre que podrias hacer un "dpkg --purge apache2" desde la consola (y como root, claro); para desinstalar el apache2 que tenes en este momento y despues de eso hacer un "apt-get install apache2" para reinstalar el apache2 y sus carpetas de configuracion.

Ademas debes tomar en cuenta que el apache necesita de otros paquetes para funcionar, dependiendo de lo que queras hacer en tu servidor, por ejemplo yo siempre le instalo los paquetes:

apache2-common y apache2-mpm-prefork

siempre con el apt-get (asi: apt-get install apache2-common apache2-mpm-prefork )

Otra cosa importante es que si ya hay aplicaciones desarrolladas hagas respaldo las carpetas donde estan esas aplicaciones por cualquier problema que se pueda presentar. Algo mas es que cuando desinstales un paquete, no te preocupes por las carpetas de configuracion que este tiene, osea en el sentido que no es necesario eliminar esas carpetas porque no afectan en nada al sistema.

Bueno espero haberte ayudado y que funcione lo que propongo.... suerte!!!

Saludos.