El Inicio automático de cualquier aplicación es bastante dependiente
del sistema operativo, por lo que una solución independiente de
plataforma no es factible.

> Por lo que he buscado no hay mucha informacion en la Web de esto, lo
que he encontrado es que en Windows se tiene que agregar una clave en
el registro pero esto no me parece lo mejor.
>
> Alguien tiene idea si agregar la clave en el registro es la mejor
manera?

Esa puede ser una solución, no necesariamente la mejor (Dependiendo
del ambiente de producción de la aplicación, un administrador de red
podría quitarte el acceso a escribir en el Registro)

Otra solución es simplemente agregar un acceso directo en el menú
inicio > Inicio. Estos accesos directos también se ejecutan al iniciar
la sesión del usuario.

>Y en Linux, como seria?
>

Normalmente esta asociado con un cambio en alguno de los scripts de
inicio del sistema. Como es una aplicación Swing (no un daemon) puede
ser en el script de inicio del usuario ~/.bash_profile si el shell es
Bash.

Espero que esto te sea de utilidad.

Arístides