Hola Tommy,
 
Estas herramientas no las he probado, pero aparentemente funcionan muy bien:
 
Esta es una herramienta para hacer esta transformacion en ambientes linux: http://linuxsan.wordpress.com/2008/02/27/pasar-de-pdf-a-html/

Esta es una herramienta de software libre:
 
http://pdftohtml.sourceforge.net/
 
Y aqui hay un foro en el que muestran un poco de codigo (Java) para hacer esto automaticamente:
 
http://www.adobeforums.com/webx/.3bc455a6
 
Saludos y espero que esta informacion te sirva.

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To: SoloJava@...
From: tommy.ponce@...
Date: Mon, 16 Jun 2008 11:34:33 -0600
Subject: Re: [SoloJava] Resumen nº 1584

Buenos Dias
Necesito una clase, o una forma de como converti de PDF a XML o alguna
herrmienta
muchas gracias
saludos

.~.
( 0 0 ) Tommy Ponce Lopez
/ V \ Celular: (504) 32909455
// \\ Email:tommy.ponce[@]gmail[.]com
/(( _ ))\ Tegucigalpa, Honduras
oo0 0oo

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